Su existencia se remonta a 250 millones de años de antigüedad, época del Cretácico y Jurásico, por lo que se sabe que convivió con los dinosaurios. Durante siglos se creyó extinguido, pero en el XVII se descubren nuevos ejemplares en Japón.

La razón de su desconocimiento es que se estuvo cultivando en templos budistas durante centenares de años. Era considerado un árbol sagrado, por ello estuvo protegido y olvidado por el resto del mundo. Hoy se ha convertido en una especie muy apreciada como árbol ornamental, y no es difícil encontrarlo en parques y jardines. Para estos últimos existen variedades de pequeñas dimensiones, ya que el ginkgo puede llegar a medir 30 m. de altura.